Sự tàn phá của sự cố Mugen Train vẫn đè nặng lên các thành viên của Quân đoàn Sát quỷ. Mặc dù có thời gian để phục hồi, nhưng cuộc sống vẫn phải tiếp diễn, vì kẻ ác không bao giờ ngủ: một con quỷ độc ác đang khủng bố những người phụ nữ quyến rũ của Khu giải trí Yoshiwara.
Xem thêm
Evangelion Shin Gekijouban: Jo, Rebuild of Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone, Evangelion: 1.01 You Are (Not) Alone, Evangelion: 1.11 You Are (Not) Alone (2007)